云南省中医医院是云南省唯一一家省级中医医院，国家三级甲等中医医院。云南省中医医院针灸科始建于五十年代，是云南省最早的针灸科，经过六十多年的发展和完善，成为了特色鲜明、中医优势突出的卫生部国家临床重点专科、国家中管局“十二五”重点专科建设单位、云南省针灸重点学科、云南省针灸重点专科、云南省中医名科，建立了云南省针灸协作网络。现有高级职称13人，博士3人，硕士研究生导师7人，特聘国家级名中医王光鼎教授、张沛霖教授指导临床诊疗工作。针灸科是云南省及外国留学生、针灸临床硕士生等针灸人才培养基地，有国家级、省厅级科研课题三十余项，是云南省集医教研为一体的具有较强技术力量的针灸科室。在疾病治疗上，突出针灸特色，应用中西医结合的治疗方法，以准确的诊断及治疗，为患者提供全方位的优质医疗服务。“关爱病人，疗效至上”是我们一贯的服务宗旨。
针灸是中国传统医学的奇葩，属于中医的一种特殊治疗方法，它是采用不同的针具刺激人体的一定部位，应用各种方法激发人体的经气，调整人体的功能，从而达到治疗疾病的目的。针灸科开展的传统治疗有：传统针刺、艾灸、天灸、温针、头针、耳针、舌针、项针、拔罐、穴位注射、穴位封闭、穴位激光照射、穴位埋线、小针刀、埋线减肥、脐灸疗法、浮针疗法、贺氏火针、子午流注、三棱针放血、芒针、火针、腕踝针、皮内针、中药外敷、中药熏蒸等。
目前针灸科有100张病床，采用针灸传统治疗手段，充分利用针灸治疗疾病的优势，特别是在脑病及神经康复方面，科室设立卒中单元，集中医和现代医学先进治疗手段为一体，配备现代化康复器材，为中风等脑病患者提供更为全面及疗效更佳的康复治疗。康复开展作业治疗、物理治疗、失语治疗、吞咽治疗。科室开展卒中单元(中风及中风的康复治疗)、心身疾病(郁证、失眠等)、中药外治(三伏天灸、脐灸疗法)、治未病、吞咽障碍、脊柱病（颈腰椎疾病、截瘫）、针灸国际教育与对外交流合作等优势项目，为患者提供更为全面的康复治疗。